За результатами власних наукових досліджень науковцями ІІ медичного факультету щорічно публікується більше 50 наукових статей у фахових виданнях, в тому числі в тих, які індексуються міжнародними наукометричними базами Scopus, Web of Science та іншими. Дослідники ІІ медичного факультету на постійній основі беруть участь у всеукраїнських та міжнародних науково-практичних конференціях, конгресах, симпозіумах тощо. Актуальність досліджень наших науковців підтверджується значною кількістю патентів, а визнання міжнародного значення результатів досліджень – членством науково-педагогічних працівників ІІ медичного факультету у топових міжнародних фахових та наукових спільнотах.

На ІІ медичному факультеті на постійній основі триває підготовка декількох дисертацій на здобуття наукового ступеню доктора філософії (кандидата наук) та доктора наук. ІІ медичний факультет є організатором та співорганізатором п’яти щорічних всеукраїнських та міжнародних науково-практичних конференцій, які традиційно збирають сотні науковців з майже 30 країн світу. На ІІ медичному факультеті видається Харківський стоматологічних журнал, який є другим в країні журналом за цією спеціальністю, що індексується всесвітньо відомою наукометричною базою Scopus та входить до категорії А Переліку наукових друкованих видань України, в яких можуть публікуватися результати дисертаційних робіт у галузі знань І1 Стоматологія.