Вчена рада ІІ медичного факультету В. Н. Каразіна визначає стратегічні перспективи розвитку та загальні напрями наукової діяльності, вирішуючи ключові питання організації освітнього процесу, зокрема затвердження програм дисциплін, навчальних планів та створення баз практичної підготовки. Рада здійснює широкі повноваження у кадровій сфері шляхом таємного голосування при обранні працівників, рекомендації завідувачів кафедр та висунення кандидатур на вчені звання і нагороди, а також має право ініціювати кадрові зміни в керівництві підрозділів. Важливим вектором роботи є підтримка наукового потенціалу: від затвердження тем дисертацій та розгляду звітів аспірантів і докторантів до рекомендації наукових видань до друку та супроводу науково-дослідних робіт. Крім того, орган розглядає структуру факультету, готує положення, заслуховує річні підсумки діяльності та забезпечує прозорість своєї роботи через оприлюднення рішень на офіційному вебсайті.